八ヶ岳、南アルプス、秩父山地と茅ヶ岳・金ヶ岳に囲まれた北杜市には、約1000ヶ所の遺跡（周知の埋蔵文化財包蔵地）があります。

縄文時代の遺跡は約900ヶ所。豊かな森林資源と霧ヶ峰産黒曜石の交易・流通を背景にして多くの集落等が営まれました。

平安時代には、真衣牧（まきののまき）、柏前牧（かしわざきのまき）、穂坂牧（ほさかのまき）の御牧が、北杜市域と隣接地に置かれました（諸説あります）。

平安時代末から中世初頭には、甲斐源氏の一族「逸見氏」が活躍し、戦国時代には、武田氏の領国経営に係る多くの山城、のろし台があります。